Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường Đại học Phú Yên, Đoàn Khoa GD Tiểu học & Mần non là một tổ chức chính trị xã hội, hoạt động dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Chi Uỷ - Lãnh đạo Khoa và Ban thường vụ Đoàn trường Đại học Phú Yên.

Cơ cấu tổ chức: 

Đoàn Khoa gồm có 25 đơn vị trực thuộc với 1010 đoàn viên trong đó:

- Khóa C08 có 02 Chi Đoàn,

- Khóa C09 có 07 Chi đoàn,

- Khóa C10 có 06 Chi đoàn ,

- Khóa C11 có 07 Chi đoàn, và 03 Chi đoàn Trung cấp Khóa C11